Štěpán Mikula působí na Masarykově univerzitě jako vědecký pracovník specializovaný na empirickou mikroekonomii. Zabývá se zejména tématy v oblasti ekonomie trhu práce: determinanty vnitřní i mezinárodní migrace, diskriminací na trhu práce nebo diskriminací v přístupu k veřejným službám. V rámci České republiky se věnuje výzkumu dopadů poválečného osidlování Sudet na rezidenční migraci, na formování sociálního kapitálu a na volební chování. Pozoruje také efekty kvality životního prostředí na vnitřní migraci a na diskriminaci sociálně znevýhodněných skupin obyvatel. V aplikovaném výzkumu se soustředí zejména na analýzy populace zahraničních pracovníků v České republice.