Jan Kysela se zabývá obecnými otázkami ústavní teorie, v posledních letech zejména doktrínou a modely dělby moci, ale také parlamenty (účel, role, působnosti, struktura) nebo teorií tvorby práva. V SYRI se věnuje dvěma tematickým okruhům. Jednak adaptaci českého právního prostředí na zvládání krize obdobné té koronavirové, jednak roli středoevropských prezidentů jako činitelů vyvolávajících politické a ústavní krize, či naopak přispívajících k jejich řešení.