Klára Kalíšková zastává funkci odborného asistenta na Fakultě informatiky a statistiky VŠE v Praze. Je také vědeckou asistentkou na Národohospodářském ústavu Akademie věd ČR a výzkumnicí think tanku IDEA při CERGE-EI. Mezi její výzkumná témata patří ekonomie trhu práce a aplikovaná ekonometrie s bližší orientací na genderové rozdíly na trhu práce a roli veřejných politik v jejich formování. Aktivně se také podílí na hodnocení procesů tvorby politik v ČR se zaměřením na zaměstnanost a sociální dopady, například jako členka Výboru pro sladění pracovního, soukromého a rodinného života při Radě vlády ČR.