Ján Palguta se věnuje aplikovanému výzkumu v rámci ekonomie veřejného sektoru, zejména reakcím firem na korporátní zdanění, dopadům regulace veřejných zakázek na jednání zadavatelů a vlivům volební soutěže na veřejné rozpočty. Dosud obdržel několik prestižních ocenění a stipendií. V projektu SYRI vvěnuje pozornost výzkumu daňových nástrojů určených pro překlenutí krizových období a zkoumání vlivu důvěry ve veřejné instituce na koordinaci společnosti během krizí. Ján Palguta v současnosti působí částečně na Masarykově univerzitě a Univerzitě CUNEF.