Jan Charvát se dlouhodobě věnuje problematice politického extremismu a radikalismu. Konkrétně se zabývá otázkami spojenými s krajní pravicí (neonacismus, neofašismus, reakční populismus) a levicí (marxismus-leninismus, trockismus, anarchismus), rasismem a antisemitismem, zejména v jeho současných podobách. Zároveň se zaměřuje i na studium subkultur (skinheads, punk aj.) v jejich politických rozměrech a otázkách jejich radikalizace. V tomto ohledu se zabývá zejména obsahovou analýzou White Power Music a formováním (politické) identity členů subkultur. V posledních letech pracuje i s otázkou populismu, dezinformací a jejich vlivu na radikalizaci a polarizaci společnosti.