Filip Horák se odborně věnuje zejména otázkám hodnot a axiomů v právní argumentaci, principu proporcionality a vyvažování základních práv, jakož i interdisciplinárním tématům (právo a politologie, právo a psychologie). V rámci projektu SYRI se zaobírá především problematikou přípustnosti a proporcionality povinného očkování (nejen) proti covid-19 a empirickým výzkumem legitimity mimořádného vládnutí v krizových situacích.