Zuzana Havránková se zabývá především makroekonomií, měnovou ekonomií a ekonomií životního prostředí. Její výzkum byl publikován například v časopisech Review of Economics and Statistics, Journal of International Economics a Review of Economic Dynamics. V roce 2018 získala Cenu Kateřiny Šmídkové pro nejlepší českou ekonomku. Nyní patří podle databáze RePEc mezi 150 nejúspěšnějších ekonomek na světě. V projektu se zabývá aplikací meta-analýzy pro vyhodnocování opatření související s pandemií a kalibrací makroekonomických modelů.