Martin Sedláček se věnuje možnostem i limitům měření v sociálních vědách. V oblasti pedagogických věd se zabývá problematikou řízení vzdělávacích institucí a analýzou vzdělávacích výsledků. Zjišťuje mimo jiné, jak ředitelé škol skrze procesy vedení ovlivňují výstupy vzdělávání. Ve výzkumu SYRI dále aktuálně řeší, jak se začínající učitelé adaptují v nové roli.