Pavel Ondřejek se dlouhodobě věnuje otázkám teorie lidských práv, proměnám veřejného práva a systémovým přístupům k právu. V projektu analyzuje rozhodovací činnost soudů vztahující se k vybraným aspektům regulace přijímané během pandemie covid-19 a dále úlohu principů předběžné opatrnosti a proporcionality.